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Se você já está conseguindo executar o aplicativo, você pode utilizar o menulibre para criar um atalho no menu com uma ferramenta gráfica (precisa instalar pelo terminal), só vai precisar especificar lá, o comando para executar o aplicativo corretamente.

Mas dê uma olhada nesse link, primeiro:

https://ask.fedoraproject.org/en/question/127637/install-packet-tracer-72-in-fedora-29/